Ο Ιωάννης Φιλήμων ήταν αγωνιστής του ‘21 και ιστορικός. Διετέλεσε γραμματέας του Δημητρίου Υψηλάντη και συνέγραψε έργα για τη Φιλική Εταιρεία και την Ελληνική Επανάσταση.
Ο Ιωάννης Φιλήμων (Βασιλείου ή Βασιλειάδης το πραγματικό του επώνυμο) γεννήθηκε το 1798 στην Κωνσταντινούπολη. Το επώνυμο Φιλήμων του το έδωσε ο Δημήτριος Υψηλάντης. Γιος ζωγράφου και διακοσμητή με απώτερη καταγωγή από την Κύπρο, σπούδασε στη Μεγάλη του Γένους Σχολή και αρχικά εργάστηκε στο τυπογραφείο του Οικουμενικού Πατριαρχείου.
Με την έκρηξη της Επανάστασης, κινδύνευσε από τους διωγμούς που εξαπολύθηκαν εναντίον του ελληνισμού της Πόλης, και τον Οκτώβριο τού 1821 κατόρθωσε να διαφύγει με ρωσικό πλοίο στην Ελλάδα. Τον Δεκέμβριο της ίδιας χρονιάς έλαβε μέρος στην επιχείρηση για την κατάληψη του Ναυπλίου υπό τον Δημήτριο Υψηλάντη και τον Ιανουάριο του 1822 στις διαπραγματεύσεις για την παράδοση του Ακροκορίνθου. Από την εποχή αυτή υπηρέτησε ως γραμματέας του Δημητρίου Υψηλάντη και τη θέση αυτή διατήρησε έως το 1829 με διαλείμματα, κατά τα οποία διετέλεσε γραμματέας στην κυβέρνηση του Γεωργίου Κουντουριώτη (1824- 1825) και του Πετρόμπεη Μαυρομιχάλη (1825-1827).
Παράλληλα, έλαβε μέρος και σε άλλες στρατιωτικές επιχειρήσεις, εναντίον του Δράμαλη στα Δερβενάκια και εναντίον του Ιμπραήμ τον Μάιο του 1825. Τη χρονιά αυτή ανέλαβε την επικίνδυνη αποστολή να μπει στην αιγυπτιοκρατούμενη Τριπολιτσά, με σκοπό τη συλλογή πληροφοριών για την κατάσταση και τις δυνάμεις του εχθρού. Γνώστης της τουρκικής γλώσσας, κέρδισε την εμπιστοσύνη του τούρκου φρουράρχου Σουλεϊμάν Μπέη, αλλά κατά την έξοδό του και την πορεία του προς το Ναύπλιο, ο Κολοκοτρώνης, που δεν είχε ενημερωθεί για την αποστολή του, τον υποψιάστηκε και βιαιοπράγησε εναντίον του, γεγονός που είχε συνέπειες για την υγεία του.
Μετά την άφιξη του Ιωάννη Καποδίστρια και τον διορισμό του Δημητρίου Υψηλάντη στη θέση του αρχηγού του στρατού της Ανατολικής Χέρσου Ελλάδος, ανέλαβε πάλι γραμματέας του κι έλαβε μέρος στις επιχειρήσεις για την εκκαθάριση της περιοχής από τα υπολείμματα του οθωμανικού στρατού έως τη μάχη της Πέτρας (12 Σεπτεμβρίου 1829). Μετά τη νικηφόρο έκβαση της μάχης αυτής, ο Φιλήμων ανέλαβε να συντάξει το κείμενο της συνθήκης μεταξύ Τούρκων και Υψηλάντη.
Από το τέλος του 1829, παρά το γεγονός ότι ο Υψηλάντης στράφηκε προς την αντιπολίτευση κατά του Κυβερνήτη, ο Φιλήμων δεν συμμερίστηκε τις απόψεις του και προσφέρθηκε να εκδώσει με κρατική επιχορήγηση την εφημερίδα «Ο Ειρηνικός» για ν’ αντικρούσει την αντιπολίτευση που ασκούσε η εφημερίδα «Απόλλων» του Αναστάσιου Πολυζωίδη. Μετά τη δολοφονία του Καποδίστρια, δημοσίευσε με το ψευδώνυμο Α. Θ. Δημητρίου φυλλάδιο 40 σελίδων, με το οποίο κατήγγελλε και καυτηρίαζε τη στάση τvν πολιτικών αντιπάλων του Καποδίστρια, ακόμη και τοy Δημητρίου Υψηλάντη.
Μετά την άφιξη του Όθωνα εξέδωσε στο Ναύπλιο τη βραχύβια εφημερίδα «Χρόνος» (1 Μαΐου – 14 Σεπτεμβρίου 1833), όργανο του Ρωσικού Κόμματος (ή Κόμμα των Ναπαίων). Από το 1838 έως το 1854 εξέδωσε την εφημερίδα «Αιών», ένα από τα σημαντικότερα έντυπα της πρώτης περιόδου του νέου ελληνικού κράτους, που παρέμεινε πιστό στο Ρωσικό Κόμμα.
Κατά τη διάρκεια του Κριμαϊκού Πολέμου (1853-1856), η αρθρογραφία του υπέρ της ρωσικής πολιτικής προκάλεσε τη βίαιη αντίδραση των αγγλογαλλικών δυνάμεων που είχαν καταλάβει τον Πειραιά. Γάλλοι στρατιώτες κατέστρεψαν το τυπογραφείο της εφημερίδας και ο ίδιος οδηγήθηκε σιδηροδέσμιος στη γαλλική ναυαρχίδα, όπου με παρέμβαση του γάλλου ναυάρχου γλύτωσε την εκτέλεση.
Ο Φιλήμων είναι περισσότερο γνωστός για το ιστορικό του έργο. Το 1834 δημοσίευσε στο Ναύπλιο το βιβλίο «Δοκίμιον περί της Φιλικής Εταιρείας», που αποτελεί σημαντική συμβολή στην ιστορία του Αγώνα και από το 1859 έως το 1861 εξέδωσε τέσσερις τόμους του έργου του «Δοκίμιον ιστορικόν περί της Ελληνικής Επαναστάσεως», που καλύπτει την περίοδο από την ίδρυση της Φιλικής Εταιρείας έως το τέλος του 1821. Η πρόθεσή του να ολοκληρώσει την ιστορία της Επανάστασης δεν υλοποιήθηκε, παρότι είχε συγκεντρώσει πλούσιο υλικό.
Ο Ιωάννης Φιλήμων πέθανε στην Αθήνα την Πρωτοχρονιά του 1874, σε ηλικία 76 ετών.